实验室通风系统设计是实验室设计中的重中之重，也是实验室建设成败的关键因素。实验室通风系统设计包含排风系统和补风系统两方面。
实验室通风系统的设计应根据《采暖通风与空气调 节设计规范》GB50019-2003，《民用建筑供暖通风空气调节设计规范》GB50736-2012等规范，排风系统则需要通过实际实验室所需排风风量、管道长度、管道走向以及现场实际情况，依据流体力学进行综合的分析计算，科学合理的设计排风系统，进而达到设计上实验室的安全、舒适、节能等目的。
补风系统，则应根据实验室类型的要求进行设计，以实现特定的实验室对房间压差的特定要求。一般理化实验室要求保持微负压（-5Pa—-10Pa）状态；个别特殊的生物安全实验室则有压力梯度的要求，如标准的PCR实验室四个功能区压力就是要求递减，试剂准备区（+5Pa）→样品制备区（+0Pa）→基因扩增区（-5Pa）→产物分析区（-10Pa）。这样的实验室在设计时需要通过送排风的控制来实现。
